El Programa de Posgrado de Especialidades en Microbiología se inició en 1976 con la Especialidad en Hematología y a partir de los años 80 se abrieron las Especialidad en Micología Médica, Química Clínica, Inmunohematología y Banco de Sangre, Inmunología Clínica y Bacteriología Médica. En 1994, se hizo la apertura de la Especialidad en Parasitología, en 2006 la de Gestión de la Calidad en Microbiología y Química Clínica y en el 2011 la Especialidad en Microbiología en Alimentos y Aguas. En el año 1981 se impartió por una única vez la Especialidad en Toxicología.  

En estos 45 años se han graduado 69 especialistas en Hematología, 19 en Micología Médica, 66 en Química Clínica, 107 en Inmunohematología y Banco de Sangre, 81 en  Inmunología Clínica, 41  en  Bacteriología Médica, 23 en Parasitología, 42 en Gestión de la Calidad en Microbiología y Química Clínica, 4 en Microbiología en Alimentos y Aguas, y 4 en Toxicología.