El Programa de Posgrado en Ingeniería Química fue instituído en el año 1976 con el fin de ofrecerle a los profesionales en Ingeniería Química y otras carreras afines, la oportunidad de estudios de posgrado con dos grandes beneficios: primero la posibilidad de ahondar en el estudio científico de la Ingeniería Química y segundo la posibilidad de hacerlo en Costa Rica. La Maestría se abrió antes de que el Consejo Nacional de Rectores (CONARE) se encargara de autorizar la apertura de carreras.

En el año 2001, el CONARE autorizó la apertura de la modalidad en la disciplina, con el énfasis en Procesamiento de Materiales y en el 2002 autoriza la apertura del énfasis en Ingeniería en Procesos Industriales.

En el año 2004, se solicita al CONARE la apertura del énfasis en Ingeniería Ambiental de la Maestría en Ingeniería Química. Se establece como requisito de ingreso poseer un Bachillerato en Ingeniería Química, en Ingeniería Industrial, o en otras ingenierías, y en Química a juicio de la Comisión de la Maestría. Los estudiantes que no sean graduados en Ingeniería Química deben llevar cursos nivelatorios.

El CONARE, en la sesión 38-04 del 13 de diciembre del 2004, autoriza el énfasis en Ingeniería Ambiental de la Maestría, modalidad profesional.