El Programa de Posgrado en Especialidades Médicas (PPEM) del Sistema de Estudios de Posgrado (SEP) de la Universidad de Costa Rica (UCR) está compuesto por 57 especialidades, de las cuales 26 son del área médica, 15 del área quirúrgica y 16 del área pediátrica (11 del área médica y 5 del área quirúrgica). En promedio se gradúan 175 especialistas anualmente. En el PPEM se mantienen más de 900 residentes en formación en las diversas especialidades, según la necesidad que la Caja Costarricense de Seguro Social (CCSS) solicita a la Universidad.

Cuenta con un riguroso proceso de selección que consta de dos etapas, la primera de ellas basada en un Examen de Conocimientos Generales en Medicina en las grandes áreas de: Pediatría, Cirugía General, Medicina Familiar y comunitaria, Ginecología y Obstetricia, Psiquiatría y Medicina Interna; la segunda etapa se enfoca en una evaluación particularizada para cada especialidad que consta de: examen de conocimientos médicos (examen escrito, oral, práctico, según corresponda por especialidad), entrevista, publicaciones médicas, cursos de educación continua e idiomas.

El PPEM impulsa la docencia y promueve la investigación biomédica mediante sus más de 1100 docentes que en su mayoría laboran en la CCSS, gracias al Convenio que permite el trabajo conjunto de ambas instituciones UCR y CCSS. También por medio de los trabajos finales de graduación que elaboran los residentes en su proceso formativo. El residente a través del contacto directo con las personas usuarias de la CCSS, conociendo sus patologías, analizando el diagnóstico, tratamiento y los diversos procedimientos médicos y quirúrgicos, se nutre de una experiencia única de aprendizaje bajo la tutela de sus profesores.